Jonathan Karlsson anslöt till Hammarby inför säsongen 2025. Han inledde sin karriär i Hanvikens SK innan han gick vidare till Djurgårdens akademi. Efter en period i FC Stockholm värvades han av Sandvikens IF inför säsongen 2024. Under sin tid i Sandviken imponerade han som högerback med 28 matcher, ett mål och fem assist i Superettan. Hans prestationer ledde till ett kontrakt med Hammarby som sträcker sig till 2029.